К Джонсу обращается богатый бизнесмен Донован, который рассказывает ученому, что у него имеется артефакт с указанием местоположения чаши Грааля. Вскоре Индиана получает сведения, что его отец – Джонс-старший, попал в неприятности, и оба эти дела, каким-то образом связаны между собой. Герой спешит на выручку отцу, и его следы приводят Индиану в Европу. Там он находит гробницу рыцаря-крестоносца с некими подсказками.
Дальнейшие события показывают, что исчезновение отца было ловко подстроено нацистами, с тем, чтобы направить Джонса-младшего на поиски чаши Грааля. Теперь Индиане предстоит не только найти священную реликвию, но и не допустить ее попадания в руки фашистов. Но Грааль, охраняемый веками от людских глаз, должен оставаться нетронутым, и герою придется столкнуться со смертельной опасностью на пути своих поисков.