В 2259 году капитан Джеймс Кирк был отстранен от командования космическим кораблем «Энтерпрайз» за нарушение Главной директивы после того, как корабль заметили первобытные жители планеты Нибиру, так как Кирк пытался спасти их и Спока от катастрофического извержения вулкана. Адмирал Кристофер Пайк восстановлен в должности командира, а Кирк понижен в должности до помощника командира. Спока переводят на другой корабль. Вскоре после этого офицер Звездного флота Томас Хэрвуд, посланный командиром Джоном Харрисоном, атакует в Лондоне базу Секции 31, контрразведки Федерации. Во время экстренного совещания Харрисон использует корабль, чтобы устроить засаду и убить Пайка и других офицеров, а затем отправиться на Кронос, родной мир враждебных клингонов.