Прошло пять лет с тех пор, как Питер Паркер осознал, что с большой силой приходит большая ответственность. Кажется, Питер научился жить несколькими жизнями: он хорошо учится, Нью-Йорк признал его героем, Питер даже намеревается сделать Мэри Джейн предложение руки и сердца.
Но его лучший друг Хэрри Озборн по-прежнему считает, что именно Человек-Паук несёт ответственность за преждевременную кончину его отца. Хэрри намеревается отомстить ему в образе Нового гоблина. Создав костюм и глайдер, он решает напасть на Питера. В результате их стычки на улицах Нью-Йорка Хэрри бьётся головой и частично теряет память. Хэрри помнит лишь то, что его отец мёртв. В то же самое время из Нью-Йоркской тюрьмы сбегает преступник Флинт Марко. Скрываясь от полиции и попутно навестив своих жену и больную дочь, Флинт волею случая оказывается на испытательном полигоне института физики как раз в момент запуска экспериментального устройства, которое изменяет его ДНК, превращая в суперзлодея Песочного Человека. В полицейском участке Питеру и его тёте Мэй рассказывают, что Флинт Марко был настоящим убийцей дяди Бена, а Кэррадайн (бандит, ограбивший клуб, где в роковую ночь дрался Питер) был лишь сообщником.