Принц Чарминг клянётся, что станет королём Тридевятого королевства и отомстит за смерть своей матери, крёстной Феи. Между тем, король Гарольд-лягушка умирает, и его зять — огр Шрек и дочь Фиона должны сменить его. Шрек пытался быть регентом во время болезни короля, но у него ничего не получилось, и он настаивает на том, что из него не выйдет настоящий король, а чтобы править королевством, надо найти кого-то ещё. Перед смертью Гарольд рассказывает Шреку о другом наследнике: племяннике Артуре «Арти» Пендрагоне. В итоге Шрек, Осёл и Кот в сапогах решаются привезти Арти на царство.
Чарминг тем временем отправляется в таверну «Ядовитое яблочко» и убеждает сказочных злодеев бороться за своё «долго и счастливо», апеллируя к поражениям, приведённым в их рассказах. Перед отплытием из Тридевятого королевства Шрек узнаёт от Фионы, что скоро станет отцом, что приводит его в ужас, так как он боится, что не способен воспитывать детей.
Троица героев прибывает в Вустерширскую Академию, элитную магическую школу-интернат, где обнаруживает, что Артур — тощий 16-летний неудачник, которого все задирают. Шрек сообщает «лузеру» потрясающую новость и увозит его с собой. По дороге Арти волнуется, вдобавок Осёл и Кот непреднамеренно пугают его, обсуждая обязанности короля. В результате Арти, испугавшись, что он не сможет справиться с этими обязанностями, пытается захватить управление кораблём, чтобы вернуться в Вустершир, и когда он и Шрек сражаются за руль, тот ломается, что приводит к крушению корабля на отдалённом острове, где герои встречаются с бывшим учителем Арти, чудаковатым волшебником Мерлином.